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《金陵十三钗》最后结局是神父将女学生装在大卡车车厢里顺利逃走了。1946年8月南京审判会上，玉墨指证日军强奸，书娟从嗓音辨认出她,天生丽质的玉墨已被毁容。她是唯一幸存者，也是她证实日军如何分享她和另外12个女学生。其中一个用牛排刀反抗但未遂，当场被害。11个女人在日军享用后被发送到慰安所，相继逃亡时被击毙、染病、自杀。
1937年，日军入侵南京，战火中，六朝古都化为废墟，众多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教导队余部在长官李教官（佟大为饰）指挥下，从日军手中救出了一批教会学校女学生，而李教官等人，至此丧失了出城的机会。幸免于难的书娟（张歆怡饰）等学生返回文彻斯特教堂，随她们一起来到的，还有受雇远道至此收殓神父遗体的美国人约翰·米勒（克里斯蒂安·贝尔饰）。此时的南京城中，逃难的人们蜂拥进安全区和教堂寻找庇护，十四名风尘女子强行进入教堂避难，其中精通英语的玉墨（倪妮饰）希望借助约翰的身份为一行人提供更多保护。教堂的墙壁，并不能阻挡日军的铁蹄，教堂内的人们，将面临孰生孰死的选择。
《金陵十三钗》是一部典型的张艺谋作品，其创作模式延续了第五代的制作传统，讲述个体在大环境中的痛苦和选择。由于不善于编剧，所以张艺谋挑选了严歌苓的著作，而一个好的改编剧本是成功的基石；张艺谋向来擅长发掘新人，所以推出了饰演玉墨的倪妮，眼光不凡；此外每一个重要的当代导演都有自己处理视觉画面的一套手法，张艺谋的独特就在于摄影和色彩，这点在《金陵十三钗》中有突出表现。